La historia de Maracena parece remontarse, debido a la etimología del nombre, a época romana y podrán haber sido una villa de explotación agraria perteneciente a alguien llamado Maratius. En la década de los 70 del siglo XX se halla en el término municipal, en la Casería Titos, una lápida con una inscripción en latín que se remonta al siglo II de. C.

Durante la dominación musulmana en Maracena nació uno de los caudillos árabes más afamados, Sawar ibn Hamdum, quien manada construir una atalaya en la Colina de la Sabika, donde hoy se yerguen las Torres Bermejas. Algunos siglos después el rey aragonés Alfonso I el Batallador, en su afán de Reconquista y Cruzada, llega hasta Maracena la cual devasta el 26 de enero de 1126 según las crónicas árabes y aragonesas. También en este lugar, junto a Albolote y Peligros, se desarrolla la Batalla de la Higueruela, paso previo a la definitiva Reconquista del territorio granadino por parte de los reyes cristianos.

En época cristiana se produjo una importante repoblación de gentes procedentes del Norte de Castilla, La Rioja y Navarra mientras los moriscos fueron expulsados de la Península. Durante el siglo XVIII varias epidemias acabaron con gran parte de la población, como en el resto de la Vega, época en la que Maracena, dedicada casi en exclusiva al cultivo de la vid, contaba con 27 bodegas y lagares.